Fakultas Ekonomi Universitas Borneo Tarakan  menyelenggarakan program studi Magister Ilmu Manajemen. Program Magister ini mempersiapkan mahasiswa untuk menjadi kuat dalam penelitian di bidang khususnya  manajemen. Program Magister Ilmu Manajemen  memberikan mahasiswa dengan teori serta aplikasi dalam program bisnis nyata untuk mendukung mahasiswa bersaing di lingkungan bisnis global.