Program Sarjana Fakultas Ekonomi Universitas Borneo Tarakan menyediakan program yang memungkinkan mahasiswa untuk memperoleh teori, konsep serta studi kasus di bidang ilmu ekonomi, manajemen dan akuntansi. 

• Studi Ilmu Ekonomi (Sarjana Ekonomi/S.E.)
  Program ini memberikan pemahaman tentang teori ekonomi makro dan mikro untuk memecahkan masalah ekonomi. Selain itu, program ini membekali mahasiswa dengan pengetahuan khusus tentang ekonomi pembangunan, ekonomi bisnis, ekonomi moneter, ekonomi publik, dan ekonomi internasional.
• Studi Manajemen (Sarjana Ekonomi/S.E.)
  Program ini memberikan mahasiswa dengan teori, studi kasus, dan penerapan keuangan, pemasaran, operasi, dan manajemen strategis dan sumber daya manusia.
• Studi Akuntansi (Sarjana Ekonomi/S.E.)
  Program ini memberikan pemahaman tentang teori, konsep, dan prinsip akuntansi. Program ini mempersiapkan mahasiswa dengan kemampuan untuk melakukan dan menganalisis pelaporan keuangan, audit, dan sistem kontrol manajemen.