Pimpinan setiap program studi di Fakultas Ekonomi Universitas Borneo Tarakan (FE UBT) memegang peranan penting dalam merancang arah akademik, pengembangan kurikulum, dan kualitas pendidikan secara keseluruhan. Setiap program dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi yang didukung oleh tim dosen yang berdedikasi untuk mendorong keunggulan akademik dan keberhasilan mahasiswa.